个人申请扣税退回时，可能会因特殊情况或例外情形受到影响。
1、若因不可抗力（如自然灾害、重大疾病等不能预见、不能避免且不能克服的客观情况）无法按时申请，可依法申请延期。纳税人需在不可抗力消除后，向税务机关提交延期申请并提供证明材料，经批准后在延长期限内办理退税，避免因不可抗力导致无法申请。
2、税务机关发现多缴税款的，会主动退还。在日常检查或数据比对中，税务机关若发现纳税人多缴个税，会主动通知并办理退税，纳税人只需配合提供银行账户等必要信息即可。
3、若扣缴义务人已为纳税人办理汇算清缴退税，纳税人无需重复申请。作为代扣代缴主体，扣缴义务人在汇算清缴时发现多缴税款，可代为申请退税，避免重复操作。
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个人申请扣税退回时，需注意可能存在的法律风险点。
1、诉讼时效风险：退税申请应在结算缴纳税款之日起三年内提出。例如，某纳税人2020年5月预缴税款后多缴部分未申请，直至2024年才想起，此时已超三年时效，税务机关将不予受理，导致无法退税。
2、证据链风险：缺少必要证明文件可能导致退税申请被拒。如纳税人小王称预缴时未申报大额专项附加扣除，却无法提供子女教育支出凭证、住房贷款合同等，税务机关因无法核实扣除情况，可能驳回申请，使其无法获得应退税款。
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个人申请扣税退回，需先明确申请时间。通常为每年3月1日至6月30日。
若上一年度预缴个税时因各种原因多缴税款，可在该汇算清缴期间申请退回。
若符合专项附加扣除条件但预缴时未申报（如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等支出），年度汇算时补充填报后产生多缴税款，也可申请退回。
若存在年中就业、退职或部分月份无收入等情况，导致减除费用6万元、“三险一金”等专项扣除、专项附加扣除、企业年金及商业健康保险、税收递延型养老保险等扣除不充分，年度汇算重新计算应纳税额后，若预缴税额大于应纳税额，可申请退税。
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个人扣税申请退回的时间规定有明确法律依据。
根据《中华人民共和国个人所得税法》（2018年修正）第十四条：“扣缴义务人每月或者每次预扣、代扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送扣缴个人所得税申报表。纳税人办理汇算清缴退税或者扣缴义务人为纳税人办理汇算清缴退税的，税务机关审核后，按照国库管理的有关规定办理退税。”虽然此条款未直接规定申请退税的具体时间段，但结合个人所得税汇算清缴制度，汇算清缴期间为每年3月1日至6月30日，这是个人申请上一年度退税的法定期间。在此期间，纳税人完成上一年度个税汇算清缴，若计算后存在多缴税款，即可依据该法律规定向税务机关申请退税，税务机关审核后按规定办理。因此，个人扣税申请退回需在每年3月1日至6月30日内进行，这符合《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定。

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